国际海底管理局秘书处负责执行大会和理事会指定的日常任务。管理局成立后,第一任秘书长由来自斐济的萨切雅·南丹担任,并连任三届秘书长至2008年12月31日。2008年管理局第14届会议选举了尼·奥敦通为新一任秘书长。2012年尼·奥敦通再次当选,任期为2013年1月1日至2016年12月31日。2016年管理局第22届会议选举时任副秘书长迈克·洛奇为新一任秘书长,任期为2017年1月1日至2020年12月31日。
秘书处内设秘书长办公室、法律事务司、资源和环境监测司以及行政管理司。
秘书处在管理局休会期间,负责以下主要活动:举办关于科学和资源问题的技术研讨会;建立中央数据库,从勘探承包者和其他来源收集与海底资源和环境有关的资料,通过管理局网站(http://www.isa.org.jm)进行传播。
秘书处目前代行企业部的职务,由管理局秘书长任命一名临时总干事来监督秘书处履行这些职务,直至企业部开始独立于秘书处而运作为止。Ø 大会
Ø 理事会
Ø 企业部
Ø 秘书长
Ø 秘书处职员