国际海底管理局秘书处负责执行大会和理事会指定的日常任务。管理局成立后，第一任秘书长由来自斐济的萨切雅·南丹担任，并连任三届秘书长至2008年12月31日。2008年管理局第14届会议选举了尼·奥敦通为新一任秘书长。2012年尼·奥敦通再次当选，任期为2013年1月1日至2016年12月31日。2016年管理局第22届会议选举时任副秘书长迈克·洛奇为新一任秘书长，任期为2017年1月1日至2020年12月31日。

秘书处内设秘书长办公室、法律事务司、资源和环境监测司以及行政管理司。

秘书处在管理局休会期间，负责以下主要活动：举办关于科学和资源问题的技术研讨会；建立中央数据库，从勘探承包者和其他来源收集与海底资源和环境有关的资料，通过管理局网站（http://www.isa.org.jm）进行传播。